1901年4月，新任山西巡抚岑春煊电请英国传教士李提摩太，“来晋负责解决晋省教案与商务问题。”
　　1901年5月29日，李提摩太在太原府见到了岑春煊。接下来他与洋务局督办沈仲礼、候补知府周之骧展开了协商，但双方利益不同，一度陷入僵局。他的日记里写道：“比抽象的神学知识更为有用的是科学知识及成果”“如果这个民族从无知和恶习之下获得自由，并沐浴到科学、工业、宗教、教育之光，就可能成为地球上最伟大的民族之一。”他的心里找到了完全倾向晋地的妥协点。之后，李提摩太携协商的《山西教案章程》去北京劝解英国公使萨道义让渡。启程前，岑春煊邀请山西地方官员为其饯行，参加者还有教士叶守真、敦崇礼、文阿德。有俩官员一侧窃语道：“此为‘官屠（因岑春煊不惧权势地弹劾庸贪，有“官屠”的刚直美誉）’和‘洋鬼子’之联手。”
　　岑春煊讲：“蒙总教士宅心公溥，以天下为己任，有兴学爱晋之心，似达摩祖师西来布道，如唐景教昭彰。总教士顶住教会中人指责重文化而非教义之压力，罚款将作为‘种子钱’，晋地会百倍收益……”
　　李提摩太讲：“抚台大人曾言‘欲求自强，必先兴学，自强之道，首需培植人才。学校者，人才之所由出也，故必广兴教育始。’此罚款不归西人，亦不归教民，专为开导晋人知识，设立学堂，教导有用之学……”
　　岑春煊以“方今士习浮嚣，危言日出，全赖昌明正学，救弊扶颠”为念，将令德书院与晋阳书院合并，于1902年5月8日成立山西大学堂，校址为文瀛湖南乡试贡院。6月7日，拟定了《关于中西大学堂并入山西大学堂改为西学专斋的合同》，合同规定将中西大学堂改为西学专斋，晋省筹款50万两白银作为西学专斋经费，请李提摩太代为经理，以十年为期；所设中学专斋，首任督办姚文栋，总教习高燮增，总理谷如墉。6月26日，西学专斋在太原皇华馆举行开学典礼，注册学生98人。8月，李提摩太返回上海，在西华德路成立了山西大学堂译书院（翻译出版所急需的教材）。翌年，宝熙担任山西学政，任山西大学堂监督。
　　1904年秋，位于太原侯家巷、占地200多亩的“山西大学堂”新校投运。
　　教学大楼和钟楼与避雷针呈“山”字，对称在钟楼两侧的教学楼为“西”字，拱券式窗体将完美结合“山西”两字的楼体映衬得熠熠生辉。大门对面的照壁是按中国传统建造。东西两侧是典雅的牌坊，一座上书“登崇俊良”，另一座上写“尊广道艺”。后山西大学将这座楼作为校徽的主要元素。
　　李提摩太最大限度地为学堂寻找最优资源。从上海、天津选聘师资，有来自英国的敦崇礼、苏慧廉、毕善功、燕瑞博、马尔东、克德来、华林泰、季成信，美国的来门义、李恒礼、卫乃雅、威廉姆斯等。他还与夫人往来沪、并之间，购买了实验仪器。
　　西学专斋几乎是一个英语的世界。学子施今墨（近代中医临床家）在回忆录中描述道：“课本是英文的，教习答卷用英文，课余交流是英文，就连管风琴飘出的音符都是英文。”学校考试之多、之严，淘汰率之高，学生学习之刻苦，用“魔鬼教学”一词形容也不为过。
　　这座得风气之先的大学堂，与京师大学堂、北洋大学堂，皆为中国近代新型大学的鼻祖。西斋教习瑞典博士新常富所说“诚不愧为大学之名焉，其构造不为不善矣，其布置不为不工矣。其经济不为不多矣，其人才不为不众矣”。
　　1911年山西省咨议局议长梁善济撰写《山西大学堂设立西学专斋始末记》，由精通书画的刘笃敬（开创山西电力史的第一人）誊抄，镌刻、镶嵌在侯家巷山西大学堂工科楼门厅墙壁上。
　　学堂课程新颖、管理有方、师资雄厚、设备先进、教学效果显著，大大震撼了那个时代。陶行知、蔡元培、黄炎培、蒋梦麟、徐志摩、周作人等名流都光顾过这里，是开放和包容的亚洲一流学府。
　　进入民国，1912年9月19日，孙中山曾在大礼堂做《谋建设需扫除旧思想》的讲演；1919年10月10日，胡适陪同美国教育家、哲学家杜威来太原，杜威做《品格之养成为教育之无上目的》（胡适口译）、胡适做《娘子关外的新潮流》的讲演。杜威应邀，于13日再次做《高等教育之任务》的讲演；1937年9月20日，第二战区民族革命战争战地总动员委员会在此召开成立大会，周恩来、彭德怀等中共代表应邀出席，周恩来还在此做了重要讲话。

卢丰